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克伦威尔站在议会一边。他返回亨廷顿，组织一支骑兵队同国王作战。在历时四年的战争中，他那杰出的军事才能使之声望日隆。在使战争出现转机的关键性的马斯顿战役中，克伦威尔都起了举足轻重的作用。1646年战争结束，查理一世成了阶下之囚，而克伦威尔则被认为是议会方面最成功的将军。

但是和平并没有到来，因为内部发生分裂，各派别间存在着根本的分歧，还因为国王对此了如指掌而未有求和之意。没过一年，国王潜逃，企图东山再起，重新纠集他的军队，就这样第二次内战爆发了。这场战争继续的结果是克伦威尔击败了国王的军队，从议会中解除了占多数的温和派议员，并于1649年1月30日把国王推上了断头台。

英国这时变成了一个共和国（叫做共和政体），临时由一个国务委员会来领导，克伦威尔任国务委员会主任。但是保皇党分子不久就控制了苏格兰和爱尔兰，支持已被处死的国王的儿子──未来的查理二世。结果克伦威尔的军队成功地占领了爱尔兰和苏格兰。长期连绵不断的战争最终在1652年以保皇党军队被彻底击败而告结束。

由于战争已经结束，建立了一个新政府的时机应该到来了，但是还存在着实行立宪政体的问题，这个问题在克伦威尔的有生之年从未得到解决。这位清教徒将军能够领导反对君主专制制度的军队赢得胜利，但是他的威望却不足以解决他的支持者中间存在着的社会冲突，不足以使他们对一部新宪法取得一致意见。这些社会冲突和宗教冲突错综复杂地交织在一起，宗教冲突使新教徒内部四分五裂并且同罗马天主教划清了界限。

当克伦威尔开始执政时，1640年组成的议会所保留的成员都属于一个数目不多、无代表性、过于激进的少数派，即所谓的残余议会。起初克伦威尔想要通过谈判来进行新的选举，但是当谈判破裂时，他就用武力解散了残余议会（1653年4月20日）。从那时起直到1658年克伦威尔去世为止，曾先后成立和解散了三个不同的议会；采用了两部不同的宪法，但都未能发挥作用。在此整个期间，克伦威尔靠军队的支持来维系统治，实际上他是一个军事独裁者。但是他多次试图建立民主政体和坚持拒绝别人给他加冕，其目的是表明他不想实行独裁统治，他也是迫不得已而为之，因为他的支持者们创建不出一种切实可行的政体。

从1653年到1658年，克伦威尔使用护国主的头衔统治着英格兰、苏格兰和爱尔兰。在这五年期间，他在不列颠建成了大体完好的政体和井然有序的行政机构。他改善了粗暴的法律，扶持文化教育。他提倡宗教信仰自由，允许犹太人再来英格兰定居，在那里实行他们自己的宗教（他们在三个多世纪以前被国王爱德华一世驱逐出境）。克伦威尔推行的外交政策也是成功的。他于1658年因患疟疾在伦敦去世。

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