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慈禧太后吩咐六部九卿会议，会议的结果是同意刑部的决定。众人认为，可以定罪了。

这时，慈禧太后却突然发下一道上谕：何桂清曾任一品大员，用刑宜慎。

上谕是让大臣再议，意思很明显：刑部判决太重，网开一面。

一些机伶的大臣从中嗅出了什么味道，随之上书，为何氏鸣冤叫屈，鼓动翻案。恭亲王很赏识的大学士、礼部尚书祁寯藻、工部尚书万青藜、顺天府尹石赞清等17人纷纷上书，为何氏开脱。一时之间，风向突变。大臣们不知如何是好。

御史卞宝第等人坚持已见，主张严惩何桂清。

太常寺卿李棠阶进呈密疏：刑赏大政，不可为谬悠之议所挠。今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？

从中央到地方，朝野震动，为何氏一案，已经闹腾得动静已经很大了。慈禧太后还在冷眼旁观。

何桂清上疏申辩，说自己是应江苏司道官员薛焕等人之请，前往苏州保护饷源要地的，没有罪责。

慈禧太后想到了统兵平定太平军的股闳重臣曾国藩，随之传谕两江总督曾国藩核查上奏。曾氏痛恨逃帅，主张重惩，立即回奏：苏、常失陷，卷宗无存。司道请移之禀，无容深究。疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止。大臣以心迹定罪状，不必以公禀有无为权衡。

何桂清早就投奔在恭亲王门下，他和恭王的岳父桂良关系密切。

大臣会议，主张斩监候，秋后处决。这一年是停勾之年，意味着何氏可以再活一年。但是，慈禧不想放过何桂清。

同治元年十月二十一日，慈禧太后确定何桂清为弃城逃跑罪，判处死刑，立即处决，并派大学士管理刑部尚书周祖培、尚书绵森监视行刑。

慈禧太后杀的第二位大臣是在祺祥政变中有拥护之功的统兵大员胜保将军。

政变成功之后，慈禧太后感恩，下旨将四品京堂候补降职的胜保，超擢为二品兵部侍郎。随之将其镶蓝旗汉军副都统，升为皇帝自将的上三旗正黄旗满洲都统和正蓝旗护军统领。

可是，谁曾想，同治元年十一月，慈禧太后一道密旨，将胜保逮捕拿问，半年后令其自尽。

胜保手握重兵，大权在握，春风得意。胜保仰慕恭亲王，愿意听其号令，他小视女人，对慈禧太后不卑不亢。

恭亲王授胜保为钦差大臣，督办陕西军务。他拥兵自重，养寇自固。最为致命的是，他自作主张，不完全听从慈禧太后的吩咐。曾国藩、李鸿章统领湘军、淮军，唯慈禧之命是从，都怕功高盖主，惹来杀身之祸。胜保不管这些，我行我素。

光禄侍卿潘祖荫、御史丁绍华等上书，弹劾胜保骄纵贪淫、滥用军饷、携妓随营等等。

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