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左宗棠在稍后的奏折中，看似支持朝廷意见，实际是主张全力西征。在他看来，海防没有现实的危险，“窃维泰西诸国之协以谋我也，其志专在通商取利，非必别有奸媒……商贾计日求赢，知败约必碍生计也，非甚不得已，何敢辄发难端。自轮船开办，彼挟以傲我者，我亦能之；而我又博心抑志，方广求善事利器益为之备；谓彼犹狡焉思启，顾而他之，似亦非事理所有。”显然，左宗棠认为西方各国无意侵犯，而中国已有足够的准备，海防不足为虑。言外之意就是应该全力西征。

李鸿章则认为当时的主要危险来自漫长的海疆，尤其是京津和沪宁是国家的腹心所在，一定要以海防为重点。但是，李鸿章没有考虑到，西陲有事应在短时间内集中人力物力先行解决。左宗棠的成功就在适应了这一需要，虽然他对海防形势的估计未免过于乐观。当时清政府的财政非常困难，只好把能够动用的财力主要用于西征。李鸿章在“海防大讨论”以及后来关于海军海防的竭力倡言，为近代中国海军海防建设起到了有力的推动作用。

在以李鸿章为代表的务实派高级官员们的努力倡导下，清政府建成了福建、北洋、南洋和广东4支小规模的海军舰队。然而，法国侵华远征舰队于1884年8月中法马尾海战中，竟然全歼了最早组建的整个福建海军。中法战争刚一结束，光绪帝就郑重发布了大力扩充海军的上谕：“自海上有事以来，法国恃其船坚炮利，横行无忌。我之筹划备御，亦尝开立船厂，创立水师。而造船不坚，制器不备，选将不精，筹费不广。上年法人寻衅，迭次开仗，陆路各军屡获大胜，尚能张我军威；如果水师得力，互相援应，何至处处牵制。惩前毖后，自以大治水师为主！”随即，光绪帝下谕设立了总理海军事务衙门，简称海军衙门。

海军由此成为国家的正式军种，近代中国的海军海防事业开始步入正轨的发展时期。光绪帝的生身父亲醇亲王奕譞（xuān）亲自出任总理海军大臣，而一直力主大举兴办海军的李鸿章出任会办海军大臣，具体掌管全国海军海防建设大业。

李鸿章在担起筹建北洋水师的任务后，全身心投入海防建设，购买船舰，兴办水师学堂，建设大沽口、旅顺口、威海卫军港基地，起用著名科学家徐寿之子徐建寅等一大批中外专业人才。光绪元年（1875年），日本入侵中国的另一个藩属国朝鲜，第二年逼迫朝鲜签订《江华条约》，解除中国与朝鲜的宗藩关系；光绪五年（1879年），日本吞并琉球，改设冲绳县。惨痛的事实一次次震动着清政府朝野，从而也促使了海军建设的加速。尤其是中法战争期间，马尾军港被法军炸毁，福建水师全军覆没，促成了海军衙门的建立，慈禧命醇亲王奕譞授总理海军事务，庆郡王奕劻、李鸿章为会办，汉军都统善庆、兵部右侍郎曾纪泽为帮办，其阵容相当庞大，而李鸿章则是北洋海军的实际权力掌握者。

要建立近代海军，必须解决船舰问题。李鸿章最初主张自己制造，后来转向从英国和德国买船为主，造船为辅的方针。因为当时在中国造船，造价要远远高于从国外买船。李鸿章在买船的同时，还将闽沪两厂制造的一些轮船调入北洋海军。除了船舰之外，还须建立海军基地。李鸿章在大沽建造了船坞，在旅顺口修建了口西、口东海岸炮台、陆路炮台，还有大连湾炮台；在威海卫岸上的要隘建立炮台，在水面建筑铁码头。一时间，威海卫堪称“东海屏藩”。旅顺口和威海卫由此成为北洋海军的基地，守卫着渤海和天津。李鸿章还意识到要培养一大批海军人才。福建船政学堂的学生，几乎都被李鸿章所用。此外，李鸿章还雇佣了一批洋人担任技术人才。

此时，威妥玛希望英国军官能够独揽对北洋海军的教习任务，遭到了李鸿章拒绝。李鸿章一直采用英国军官和德国军官并用的原则，使得列强没有能够达到控制中国海军的目的。1888年10月，在李鸿章的苦心筹办下，海军衙门上奏慈禧太后并获准颁行《北洋海军章程》，标志着北洋海军正式组建成军。

这是近代中国海军海防事业发展的辉煌顶点。由于北洋海军的庞大阵容，中国海军作战舰艇的总吨位达到4万多吨，一度跃居海军世界大国的行列，在亚洲地区则是首屈一指。北洋军事工业的重要企业为旅顺鱼雷制造所。

北洋海军的建设一直以日本为假想敌，到甲午海战之前，其实力已经达到了当时世界的领先水平。但是，在这个过程中，也充斥着清政府内部的派系斗争，北洋海军在很大程度上存在着诸多致命弱点。如在防御体系的建设、海军的训练以及军队的体制等问题上都存在很多问题，尤其是在经费问题上，慈禧太后多次挪用海军经费修建颐和园、举行寿庆活动，更有户部尚书翁同龢不但处处为李鸿章设置障碍，还公开反对北洋水师建设，拖欠、拒绝给付海军经费。因为财力的限制，中国的海军远远无法和外国的军队抗衡。李鸿章曾经感叹道：北洋只有半支海军。不久之后，李鸿章的担忧真的变成了残酷的现实，那就是甲午海战的失败。一系列问题导致了中日之争的最后结果——北洋水师在甲午海战中以惨败告终。

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