事实上，这个时期的李鸿章也没闲着，他自天津教案发生之后，就一直在观望曾国藩的处理方式。事实上，他对曾国藩的做法也是不甚满意。恰在这时，李鸿章忽然接到诏令，朝廷让他火速带兵到京畿一带备战，并任命他为直隶总督以接替曾国藩。李鸿章马上渡过黄河，到达直隶边境，但是他并不急于马上去天津接任。他给朝廷写信说，淮军只能在直隶边境驻扎，如果离北京、天津太近，容易引起列强的疑心，引发战争。

李鸿章到达保定之后，又给曾国藩写信说，自己的肝病复发，需要调养一段时间。李鸿章把自己处在一个可进可退的位置，并不去理会曾国藩的烦恼。这时候的李鸿章，在官场使用手段谋略远远超过自己的老师。这也应验了曾国藩当年对李鸿章的评价。当年，提到对李鸿章未来的展望，曾国藩曾对李瀚章说过“青出于蓝而胜于蓝”的话。

李鸿章在奏折中明确提出：

第一，说教堂拐卖儿童、挖心肝、挖眼并没有确凿的证据。

第二，崇厚平时对外国人献媚的行为早就深深引起了百姓的不满，所以此事是个导火索。

第三，丰大业开枪射的是朝廷命官，也是罪不可赦。

第四，群众仅打死20个洋人。

可见，中外双方各有不是。所以处理时应本着和平解决的原则，一是必须捉拿凶手，一是应当赔钱。但是，赔钱一定要有限度，更不能以割地为要挟。李鸿章在奏折上还说，如果我方在于情于理都站得住脚的原则下妥善处理之后，洋人还敢无理取闹，我们就和他们决一死战。李鸿章和外国人巧妙周旋，据理力争。他通过谈判，把死刑犯人数减少了四名。有人提出火烧望海楼的主谋是陈国瑞，李鸿章多方努力，保住了他。

此外，协助办理教案的丁日昌偷偷用大牢里的死刑犯换出了真正的反洋教领袖。

据说，这也是李鸿章授意所为。李鸿章还筹集各方面的捐助并和曾国藩拿出自己的积蓄，总共凑了两万两银子送给张光藻和刘杰，算是对他们经济上的一点补偿。

李鸿章后来给曾国藩写信说，和洋人交往，不妨稍微用一点“痞子腔”，不要轻易用死来逃避责任。说起“痞子腔”，还有一个故事。李鸿章在接办教案前，曾国藩问他，去天津之后会经常和洋人打交道，你准备用什么方式和洋人交往呢？李鸿章回答说，和洋人交往，我不妨就用点“痞子腔”（安徽话，就是耍一点青皮流氓的手段）。曾国藩劝慰道，我认为，洋人也是人，你和洋人交往还是应该笃信一个“诚”字，以诚待人。李鸿章总结多年和洋人交往的体会，好像并没有听从老师的话。

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