然而二次入赣的声势持续不过两个月，便被元军摧败。至元十四年（1277）七月，元廷立行中书省于江西，专事进讨。八月，元军袭攻文天祥设在兴国的指挥部，“又击走之，追四百里，及之空坑。降其众廿余万“。文天祥差不多是只身脱走，妻妾儿子都被元军俘去。江西战局至是骤然逆转。其他地区的义兵亦都被击灭。

江西绥靖后，元军一路逾梅岭进击广东；另一路扫荡福建，从那里进入广东。这段时间，益王政权由潮州移驻广州浅湾内的秀山，再奔井澳（即今澳门以南诸小岛所在洋面），遇风舟败，军士死过半。继而又避追兵入海至七洲洋（今海南岛以东的南中国海域）。次年春，还广州，又移硐洲岛（在今湛江外的洋面上）。四月，赵罡受惊吓死于硐洲。张世杰、陆秀夫等拥立8岁的卫王赵爵为帝。六月，张世杰率军欲收复雷洲（治今广东海康），失败。于是奉帝昺移师至广州湾内的新会南百里洋面上的厓山。这时他还有舟船800余艘，士卒万人。

即使到大难临头的时刻，这个小朝廷仍不肯放弃内斗。文天祥过去曾要求带兵入朝护驾，被陈宜中拒绝。益王死前不久，他在硐洲东南海滨的乾溪山（船癔）上表，自劾兵败江西之罪，再次请入朝，仍不许。他只好在潮州、惠州一带领残军坚持抗元。

就在广王政权移驻厓山的同一个月，即至元十五年（1278）六月，元廷召汉地最著名的世侯之一张柔的儿子张弘范，委以蒙古、汉军都元帅，命他往歼广王政权。张弘范荐李恒为副帅，率水陆军2万，灭宋残部。十二月张弘范至潮阳。前军击溃自潮阳走海丰的文天祥，擒之。至元十六年（1279）正月，元军从潮阳循海路往压山，途中命囚系随军的文天祥修书招降张世杰。文天祥乃书《过零丁洋》诗授之，留下了“人生自古谁无死，留取丹心照汗青“的名句。

至元十六年二月初，张弘范、李恒两军会合后，对宋厓山水师发起总攻。激战经日，宋兵全军溃败。陆秀夫仗剑驱妻子人海。自己背了广王赵昺跳入水中自沉。张世杰率10余艘船舰连夜突出重围趋交趾而去，途中遇飓风船坏，溺死。南宋流亡小朝廷灭亡。

厓山之役的前一个月，宋合州钓鱼城（为合州治所，在今四川合川东北）守帅王立出降。至是，南宋的疆域，基本上全为元王朝据有。

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