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仲敦巴佛教在藏地遭到取缔时，部分僧侣逃出劫难，隐避到吐蕃政权势力较弱的藏地东、西部。今青藏高原东北的湟水流域逐渐成为佛教传承的中心。藏地西部的纳里（今译阿里）地区，是西藏佛教复兴的另一个基地。920年代，从藏地中部遴选的10人东赴宗哥（Tsong-kha的汉语译音，藏语称湟水为Tsong，河滨为kha，Tsong-kha译言湟水之滨）学习教法。以后回藏复兴佛教。这件事被看作西藏佛法“后弘期“的开始。差不多与此同时，纳里地区的吐蕃小王不断用重金聘请印度、尼婆罗等地的高僧前来译经阐教，又派人西行求法。东来的高僧以印度班智达大德阿底峡最为著名；西去求法的纳里僧人中，最有名的是三至迦湿弥罗（今译克什米尔）的译师仁钦桑波（958-1055）。10世纪末叶，尤其是进入11世纪后，佛寺在全藏各地又普遍地兴建起来。由于所传教法不同，这些寺院根据各自的传授系统分别归属于以一个或几个大寺院为据点的教派。

寺院势力最初是在世俗小王的支持和保护下重萌生机的。但当他们积累起足够的经济力量和宗教影响后，他们也起而参与地方的政治活动，于是形成很多以大寺院为中心的神权政治的势力。教团领袖开始时是由寺院僧众推举的，后来经常变成世袭职位。较大的世俗宗族往往会以叔侄相继的传承方式世代把持某个大寺院住持的座席。世俗贵族与僧侣集团之间就这样结成一种很特殊的“赐主—福田“关系。较小的世俗贵族甚至还要反过来寻求教团的保护。在十一二世纪，藏地存在着以下这些势力很大的教派集团：噶当派（bkah-gdams-pa），由阿底峡的弟子仲敦巴（1005～1064）所传。它在前藏拥有很大的势力。著名的热振寺就属于此派。吐蕃赞普后裔雅垄王族成员曾长期据有噶当派主寺的住持职位。

萨斯迦派（<a href="/cdn-cgi/l/e" class="__cf_email__" data-cfemail="0c5f6d4c7f67756d217c6d">[email protected]</a>）的根据地在后藏的萨斯迦（今译萨迦）。萨斯迦大寺的历任住持多出于款氏家族。这个教派在元代藏地政治中具有非常特殊的影响力。

帕木古鲁派（Phag-mo-gru-pa，今译帕木竹巴），因其祖寺建于帕木古鲁之地（在今前藏泽当东北）而得名。该寺住持由郎氏家族世代把持。帕木古鲁派有若干分支，如必里公派（hBri-gung-pa，今译“止贡“派），思答笼派（sTag-lung-pa），牙不藏派（gYa-bzang-pa）等。

搽里八派（mTshal-pa），此派创立较晚，后来其主寺的住持席位为资助建寺的噶尔氏家族所控制。

葛哩麻巴派（Karma-pa），祖寺在葛哩麻谷（今西藏昌都西北），后来又建一新的主寺于堆隆（在今西藏拉萨西北）。它是藏传佛教中最早实行活佛转世制度的教派。葛哩麻巴派“黑帽“系的第二世转世活佛葛里麻拔噶希（KarmaPakshi，1206-1283，藏语pakshi译言“大师“，或当源于汉语“博士“），是西藏佛教史上最著名的有神奇法术的僧人之一。

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