由于他原本就不想自得天下，因而也就不思进取。从至正十七年（1357）起，张士诚所据江阴（今属江苏）、长兴（今属浙江）等战略要害地点先后被朱元璋夺去。他的势力从此不得再向外进一步伸张。他倒好像不太在乎，趁朱元璋要先对付陈友谅，张士诚从元政府那里讨到一个“太尉“的头衔，安心做他的土皇帝。直到至正二十三年（1263），也就是朱元璋与陈友谅会战鄱阳湖的那一年，他想要封“吴王“，元廷不答后，这才重新反元，自封吴王，同时停止向大都发运漕粮。翌年，朱元璋也称吴王，并开始着手准备攻灭张士诚。

龙凤十一年（1365）八月，朱元璋以徐达、常遇春领兵20万，东攻张士诚。徐达等先取苏北、淮东诸城。次年五月，朱军略地浙西，十一月围攻平江。朱军筑长围将平江困死，架三层木塔觇视城内。并于每层置弓弩火铳，又用“襄阳炮“轰击城墙。这时候，平江已变作一座孤城。张士诚被围在里面，粮草日少，突围又不成。他的灭亡不过是时间问题。

龙凤十二年（1366）十二月，张士诚既然已成瓮中之鳖，朱元璋需要除却他最后的一块心病了。定鼎的形势越来越成熟，可是滁州的小明王、刘福通这一对君臣当如何处置？当初出援安丰前刘伯温提出的问题，现在已再也无法回避。朱元璋终于下定了决心。

于是，他派心腹廖永忠到滁州，假意具舟揖迎小明王君臣去应天。船队沿清流水而下，在进入长江口的瓜步，廖永忠下毒手将韩林儿和刘福通沉于江中。朱元璋公开宣布的消息，则是二人乘坐的船只在瓜步“遇风浪，掀舟没，刘太保（指刘福通）、小明王俱亡“。龙凤政权由于这个自然事故而自然消亡。因此朱元璋称明年（1367）为“吴元年“。这一年是丁未羊年。据说当时民间流传“但看羊儿年，便是吴家国“的谶言。假如不是后来的追加附会，那么它一定是早已安下此心的朱元璋指使人暗中散布的。洪武八年（1375），廖永忠因“越制“被杀。朱元璋叫他的十七子朱权在承旨编成的《通鉴博论》中写下“廖永忠沉韩林儿于瓜步。大明恶永忠之不义，后赐死“一句，把沉杀小明王的责任全部推到已无法自辩的廖永忠身上。

张士诚固守平江城长达11个月。吴元年（1367）九月，城破。张士诚率卒巷战，最后没有人再肯为他卖命。他放火烧死家眷，自杀未遂，被俘获，送到应天。朱元璋与他讲话，他一语不肯吐。丞相李善长来问，被他骂了一顿。朱元璋大怒，下令将他打“御仗“四十，乃死（一说命其自杀）。

削平陈友谅和张士诚以后，南方的其他割据势力都已难与朱元璋相抗。为了克定大业，北伐元政权于是提上议事的日程。

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