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陈独秀出狱一个多月后，刘师培病情加重，陈多次前往看望。11月10日，年仅三十六岁的刘师培病逝，陈独秀主持了刘的丧礼，并引用康有为诗悼念亡友：“曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身。”

【宽宥】

中华民国成立后，章太炎念及旧情，仍旧称赞刘师培“学问渊深，通知今古”，是“国学精湛之士”，欲“保持绝学”，则须爱惜其人。

刘师培入狱后，章太炎顾念刘师培学问精湛，人才难得，作《宣言》曰：“昔人曾云，明成祖‘城下之日，弗杀方孝儒，杀之，读书种子绝矣’。……今者文化凌迟，宿学凋丧，一二通博之材如刘光汉辈，虽负小疵，不应深论。若拘执党见，思复前仇，杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”

中华民国成立，章太炎与蔡元培联名在《大共和日报》刊登《求刘申叔通信》，寻找刘师培：“刘申叔学问渊深，通知今古，前为宵人所误，陷入樊笼，今者民国维新，所望国学深湛之士，提倡素风，保持绝学，而申叔消息杳然，死生难测。如身在他方，尚望先通一信于国粹学报馆，以慰同人眷念。”得知刘师培下落后，章、蔡又电请南京临时政府设法营救刘师培，孙中山也发电文敦请开释其人，不得苛待之。有了孙中山的保释，刘师培才得以出狱。

刘师培投靠端方，叛变革命，出卖同志，为党人所恨。蔡元培惜其才，极力为之辩护：“刘申叔，弟与交契颇久，其人确是老实，确是书呆！”章太炎也为其开脱：“今者文化陵迟，宿学凋丧，一二博通之才如刘师培辈虽负小疵，不应深论。杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”

陈独秀在给孙中山的上书中说：“大总统钧鉴：仪征刘光汉累世传经。髫年岐嶷，热血喷溢，鼓吹文明，早从事于爱国学校、《警钟日报》、《民报》等处，青年学子读其所著书报，多为感动。今共和事业得以不日观成者，光汉未始无尺寸功，特惜神经过敏，毅力不坚，被诱佥任，坠节末路，今闻留系资州，行将议罚，论其终始，实乖大法，衡其功罪，或可相偿，可否恳请赐予矜全，曲为宽宥，当玄黄再造之日，延读书种子之传，俾光汉得以余生著书赎罪。……谨此布闻，伏待后命。”

刘师培先是背叛革命，倒向清廷，后又襄助袁世凯称帝，为时人不齿。蔡元培任北大校长后，力排众议，聘请刘师培为中国文学门教授，讲授中古文学、《左传》、《三礼》、《尚书》和训诂学等课程。

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