钱穆的《国史大纲》出版后，遭到国民政府的审查刁难，要求钱穆更改对太平天国的评价后始得付印。钱穆坚持不改，以致拖了半年才出版。

台湾孔孟学会曾邀钱穆撰写《孔子传述》一书。钱穆一改常人写作生平历史的习惯，从各项孔子行述学说的疑义着手，成一家之言，并坚持《易经》非孔子所著的史学论点。这让孔孟学会大为不满，要求钱穆改稿，否则即拒绝出版。但钱穆坚持不改，把稿件交其它单位出版。

1985年，江苏古籍出版社提出出版钱穆全集的构想，却被打了回票。一是钱穆不赞同以简体字出版中国学术作品；二是很多他手边未发表或即将发表的新作未被纳入出版计划；此外，钱穆在两岸对峙期前后，曾发表部分政治性言论，但他主张负文责，反对修改、删节，此争议几经协调才暂告落幕。

【雅趣】

钱穆好藏书。他在北平居住八年，“先三年生活稍定，后五年乃一意购藏旧籍……余前后五年购书逾五万册，当在二十万卷左右。历年薪水所得，节衣缩食，尽耗在此。”钱穆经常逛琉璃厂隆福寺，与各家书店的老板都认识。一旦他有想要的书，便给两个地方旧书店各打一个电话，如果这家没有，书店便询问同街其他书店有没有。如果有了，书店就派车送到他家。每到周日便有十多家书店送来书（大都为成套书中的头一两册），放在他书斋的大长桌上，如果钱穆选中了，则下个周日带来全套书。钱穆家中俨然就是个小书市，他也因此买到许多珍本孤籍。

胡适有一本潘用微《求仁录》孤本，钱穆“向之借阅。彼在别室中开保险柜取书，邀余同往。或恐余携书去有不慎，又不便坦言故尔。……余移寓南池子锡予家，一日傍晚，一人偶游东四牌楼附近一小书摊，忽睹此书，亦仅数毛钱购得。”

钱穆还曾记载一件事：一日课后，北大图书馆馆长毛子水到历史系休息室询问他，坊间送来《章氏遗书》钞本一部，此书钞本在北平颇有流行，不知有价值否。钱穆志道“此本确系章氏家传”。如果他告诉毛子水是假的，那么这本书就被退回书店，钱穆就可以到书店购下，然后私藏。但他“念公藏可供众阅，不宜秘为私有。……即以原本回子水，嘱其可为北大购取珍藏。”后来钱穆听说毛子水并没有为北大图书馆买下此书，而由胡适购买收藏。

钱穆对北平的书很是向往。“北平如一书海，游其中，诚亦人生一乐事。至少自明清以来，游此书海者，已不知若干人。今则此海已湮，亦更无人能游而知其乐趣者。言念及此，岂胜惘然。”

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