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民国建立后，章太炎强烈感受到南京临时政府的软弱无力，他提出的种种主张和方案不被采纳。此事，他更希望尽早结束南北分裂的局面，共御外辱。最后，为了实现自己的政治抱负，权衡对比后，他将希望寄托在袁世凯身上。于是章太炎开始摇动手中的笔，为袁世凯摇旗呐喊，攻击同盟会的革命党人，骂他们是“鼠窃狗偷”的“群盗”。但当袁世凯如愿上台，并开始密谋称帝时，梁启超和章太炎等人才如梦方醒，悔之莫及。此时，章才认识到革命党人必须重新联合起来，于是主动找到孙中山、黄兴等人，开始商讨如何对付袁世凯的阴谋。

袁世凯上台后，给了章太炎一个虚职：“东三省筹边使”，并拨给他1万元费用。章踌躇满志，到吉林赴任，发表了《筹边使告东北父老书》和《筹边使四策》等文告。没想到刚到东北便受冷遇，无人迎接不说，召见吉林西南道孟宪彝和长春知府德养源，二人竟不理会。章气愤不已，找到吉林都督陈昭常说：“本使是国家堂堂官吏，他们被传不到，就是目无本使，就是目无共和国家！”陈昭常知袁的用心，并不和章计较，对章恭敬如仪，好吃好喝招待，最终将章礼送出境了事。至此，章才若有所悟，对袁颇为失望。

当孙中山、黄兴等人发动“二次革命”讨伐袁世凯的时，章太炎已经和他们分道扬镳了。在民国成立的初期，章太炎虽为革命元老，但他的意见得不到采纳，故对原先的革命同志孙中山、黄兴颇有不满，他一直站在先是同盟会、后为国民党的对立面。但出人意料的是，他对那个被造反的新军士兵从床底下拖出来的黎元洪，一直都心生好感，无论政治风云如何变换，他都鼎力支持黎，以至于有报社记者说：“章太炎先生的政见，无外乎‘总统非黎公不可’。”

章太炎在为刘成禺的《洪宪纪事诗》作序时，将袁世凯的洪宪解释为：“袁世凯以明太祖建号洪武。满清以太平军为劲敌，其主洪也。武昌倡议者黎元洪，欲用其名以厌胜之，是以建元曰洪宪。”

章太炎到唐继尧处游说唐，发现唐没有出兵诚意，而且唐治下秩序混乱，乌烟瘴气，颇为失望。于是，他在白昼手提灯笼，漫步街市，灯笼上书“大元帅府秘书章”的字样，引起围观如堵。有人问他为何，他道：“此地种鸦片，漆黑一片，不照明何以举步？”也有说法称章在门口点着红灯笼，别人问起，他答：“四海茫茫，到处黑暗。”

1920年，章太炎由最初的反对军阀割据转变为赞成军阀割据，提出“联省自治，虚置政府议”的主张。次年，黎元洪就任总统，章太炎受勋一枚，到处宣讲“联省自治”，还主张首都“南迁武汉”。

1923年9月，《华国月刊》在上海创刊，章太炎任社长，该刊宗旨为发扬“国故”，挽救“人心”。

1924年，中国国民党第一次全国代表大会召开，发表宣言，实现国共合作。在国民党右派冯自由、居正等人的怂恿下，章太炎公开发表言论，反对国共和作。章太炎说蒋介石执行的三民主义是“卖国主义、党治主义与民不聊生主义。”

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