邓茂七见势不好，带领一部分手下仓皇出逃。都指挥刘福亲率五千精兵半途邀击，邓茂七骑在马上目标明显，被刘福指挥弓弩手乱箭射死。数千名起义军顿时死的死，伤的伤，几乎全被歼灭。伪将领刘宗、罗海、郎七等被擒获，押到军门处斩。

叱咤风云声噪一时的邓茂七起义军顿时被瓦解，只剩下一小部分残余拥戴邓茂七的儿子邓伯孙占据九龙山继续与朝廷对抗。

罗汝先在这次战役中立了功，丁瑄发现他颇有才干，除了赏赐金钱物帛，还保举他出任地方的武职官员，负责组织训练当地的民兵，保障地方安宁，防止再次发生叛乱。

早在邓茂七起义被镇压之前，朝廷又增派了宁阳侯陈懋、平江伯陈豫等前来福建平乱。还令刑部尚书金濂参赞军务，太监曹吉祥等提督火器。

陈懋领兵到达浙江，有部将建议分兵扼守海口，堵截起义军逃窜之路，陈懋道：“想让贼众跟我们拼命吗？”等到丁瑄剿灭了邓茂七，他的余部聚集在尤溪、沙县，诸将建议将他们包围，斩尽杀绝。陈懋道：“这是让贼众坚定信心拼死抵抗，徒然增加我们的伤亡，有什么好处？”

于是他对邓茂七的余部颁布招抚令，并订立赏格：“凡有自相擒杀来降的，赏银五十两。”

当时邓茂七之子邓伯孙占据九龙山。起义军将领张留孙英勇善战颇有计谋，邓茂七起义时常常依靠他，邓伯孙对他也很信任，尊之为“张叔”。

陈懋是永乐朝的老将，善用计谋。他派遣千户龚遂荣潜入尤溪山中，招降了起义军数千人。龚遂荣潜入九龙山，带着陈懋招抚张留孙的信答应保举他升为地方镇抚官。龚遂荣“不小心”让这封信落到了邓伯孙手里。邓伯孙见信勃然大怒，他中了陈懋的离间计，以为张留孙背叛了他，便差人把张留孙叫来，乘其不备一刀将他捅死。

九龙山的起义军起了内讧。许多同情张留孙的人都被邓伯孙猜疑。他们纷纷逃离山寨，投降官军。山寨中顿时人心惶惶。

陈懋见时机成熟，缜密布置大军四面围攻九龙山。派遣小分队从后山杀入，前后夹击。邓伯孙本来就年轻，没有战斗经验，官军排山倒海地层层推进，眼看就杀到面前，他竟坐在山寨大堂里看呆了，也不知道该如何抵御，只能束手就擒。

邓伯孙被械送京都，枭首示众。

遍及福建、浙江两省长达三年的叶宗留和邓茂七起义终被镇压。究其起因，主要是布政使宋彰等横征暴敛、鱼肉人民所致。朝廷中王振篡权乱政也让起义军当作借口。地方上贫富分化、恶势力膨胀也是动乱的原因之一。

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