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罗马的崩溃让亚洲的基督教徒们松了口气，抵抗草原部落的共同目标让他们与波斯帝国的关系大为改善。而且随着罗马的衰落，基督教对于波斯人来说，再也不像一个世纪以前君士坦丁大帝率兵进攻波斯并试图解放那里的基督教徒时那样颇具威胁，如今甚至都很难在波斯找到基督徒的踪迹。因此在公元410年，一系列由国王伊嗣俟一世（Yazdagird I）提议的会谈开始举行，目的是为了正式确立基督教在波斯的地位，并规范其信仰。
如同在西方一样，亚洲的基督徒对于“跟随耶稣”的准确含义、信徒该如何生活，以及如何表达和追求自己的信仰等方面，都产生了许多分歧性的见解。前面说过，科德在3世纪的碑文中提到两种基督徒，即通常意义上的波斯本地皈依者拿撒勒以及被罗马帝国放逐的基督信徒。他们的崇拜方式和宗教教义均不同，这并不奇怪，因为像在伊朗南部法尔斯（Fars）的阿尔达希尔（Ardashīr）等地就有两种教派，一派是用希腊语布道祈祷，另一派则用古代叙利亚语。不同教派的冲突有时会酿成暴力，比如在苏兹阿纳（Susiana，位于今伊朗西南），主教们都试图用拳头来与对立派算账。在波斯帝国最重要的城市之一泰西封，主教们试图为当地所有的基督教团体建立统一的秩序，结果却困难重重、不了了之。
其实，要想解决教派冲突，莫过于一次性消除所有分歧，就像早期圣徒们在一开始所尝试的那样。“我们已经说了，现在又说，”圣保罗提醒加拉太人，“若有人传福音给你们，与你们所领受的不同，他就应当被诅咒！”（《加拉太书》1：9）传福音——顾名思义就是“传递好的消息”——靠的是确定的经文，这样便能解释圣子是谁、他要传达的准确信息是什么，并确立统一的信仰体系。
为了结束西方早期基督教争论不休的局面，君士坦丁大帝曾于公元325年在尼西亚（Nicaea）组织了一个宗教公会。来自帝国各地的主教聚集在一起，就圣父、圣子之间的关系进行探讨（这是导致争端和教派分裂的主要问题），同时也解决其他一系列有争议的问题。尼西亚公会议的成果是在教会的组织结构上达成了一致，解决了计算复活节日期的问题，并将基督教信仰的内容立典成文，即现今仍存于世的《尼西亚信经》。君士坦丁此举意在解决宗教纷争问题，以确保帝国的完整和统一。
波斯的主教和罗马帝国疆域之外的主教都未被邀请参加尼西亚公会议。于是波斯分别在公元410年、420年和424年单独举行会议，让主教们有机会探讨解决和西方同僚所面临的同样的问题。会议得到波斯国王的大力支持，他被誉为“常胜王中王，教会的仰仗”，他像君士坦丁一样，热衷的是从基督教的支持中获益，而不是卷入教会之间的争端。
这几次会议取得的成果并不牢靠，为之后的教会权力斗争埋下了隐患。不过，会议还是就教会组织结构等重大问题达成了共识（尽管仍是充满争议和不快）：在泰西封辖区设立大主教一职，“作为整个（波斯）帝国所有兄弟主教的首领和管理者”。他们就神职任命这一重要问题也进行了广泛的讨论，主要目的是避免竞争教区重复设置神职机构的情况发生。人们也确定了一些重要宗教节日的日期，并决定应当脱离“西方主教”的领导和干涉，因为这将影响到东方基督教会的领导地位。最后，会议接受了尼西亚公会议的信经和准则，以及在此期间其他西方公会议达成的协议。
这应该是一个具有开创性意义的时刻，一个基督教灵魂和肉体重归一体的时刻。靠着两条强有力的臂膀（即罗马和波斯，两个最伟大的文明古国）的并肩合作，大西洋与喜马拉雅山脉被紧紧联系在了一起。有了罗马的资助以及波斯统治者的接纳，基督教本当成为不仅是欧洲而且是亚洲的主流宗教。但不幸的是，一场内讧爆发了。
一些主教认为教会的和解决议削弱了自己的地位，并开始指责教会某些领导人物不仅没有受过正规教育，而且也没有得到过任何正式任命。接着，基督教内部爆发了武装冲突，导致许多琐罗亚斯德教的神庙被焚毁。这使原本已经妥协的波斯国王不得不改变了态度：放弃宗教宽容立场，重新开始捍卫波斯上层贵族的信仰体系。这无疑是一种倒退，基督教未能顺利地迎接一个黄金时代的到来，反而将面临新一轮的挑战和迫害。
早期激烈的宗教争端大多是地方性的。公元4世纪君士坦丁堡主教、最杰出的早期基督教神学家之一圣格列高利（Gregory of Nazianzus）记载了他曾被诽谤者当面怒斥的情景。他写道，那些人朝着他号叫，像一群乌鸦。遭受攻击的他如同身处巨大的沙尘暴中，被各种猛兽围攻：“他们就像一群炸窝的黄蜂突然飞到你的脸上。”
相比之下，发生在5世纪中期的这次内讧波及范围更广、斗争更加激烈。内讧在西方的两个对立教派之间展开。一方是君士坦丁堡的宗主教聂斯脱里（Nestorius），另一方是亚历山大城的宗主教区利罗（Cyril），他们的主要争端在于耶稣究竟是神还是人。显然，此类问题并不能靠和平商讨解决。区利罗是个天生的政治家，为了赢得支持不择手段，比如大量的贿赂行径：给具有影响力的人物以及他们的夫人送上精致地毯、象牙座椅、高档桌布等奢侈品，有时甚至直接送现金。
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