宋案幕后指使国务总理赵秉钧捕房根据报告，立即派眼线去跟踪应桂馨，当天在湖北路迎春坊二十八号妓女胡翡云家找到，当场予以逮捕。第二天，捕房派人搜查文元坊应宅，又在那里捉到了一个形迹可疑的矮子，并搜出五响手枪一支，应桂馨与现任内阁总理赵秉钧、内务部秘书洪述祖二人电报往来的密电码以及其他有关证件多起。这些证件充分说明：行凶的主谋犯不是别人，正是现任大总统袁世凯、现任内阁总理赵秉钧；教唆犯是内务部秘书洪述祖，组织行凶者是上海大流氓应桂馨，直接杀人者是失业军人武士英。

证件的主要部分有下面几个文件：

（1）民国二年（1913年）1月14日赵秉钧致应桂馨密函一件，上面写着：“密电码送请检收。以后有电，直寄国务院可也。”外附密电码一本，上注“国务院应密，民国二年一月十四日”。

（2）2月2日应桂馨致赵秉钧“应密冬电”一件，内称：“民党（国民党）主宋（教仁）任总理……已由日本购孙、黄、宋劣史，印十万册，拟从横滨发行。”

（3）2月1日、2日洪述祖致应桂馨密函两件，上面写着：“大题目总以做一篇激烈文章乃有价值。”“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。”“弟（洪称应）应于题前径电老赵，索一数目。”

（4）2月4日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“冬电（2月2日应的电报）到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统。阅后颇色喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”

（5）2月22日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“来函应的函件。已面呈总统、总理阅过。以后勿通电国务院，因智智庵，赵秉钧号。已将应密本交来，纯归兄一人经理。”

（6）3月13日洪述祖致应桂馨密电，内称：“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。”

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