可是在“文革”中，康生又把这一历史冤案翻了出来，使许多同志再次遭到诬陷和残酷批斗，有的惨死或致残。耀邦主持日常工作的党中央，对这个源起于几十年前的冤案，也作出了全面彻底的平反决定，对含冤死去的同志予以平反昭雪，人事档案中有关假案的一切诬蔑不实之词，全部取出销毁。

1979年3月，中共内蒙古自治区委员会第一书记周惠，在全区有线广播大会上宣布，对林彪、“四人帮”和康生在内蒙古制造的一系列冤假错案中影响最大、危害最深、涉及全区几十万人的“新内蒙古人民革命党”、“内蒙古二月逆流”、“乌兰夫反党叛国集团”三大冤案，经党中央批准，全部平反昭雪。周惠说，林彪、“四人帮”和康生制造这三大冤案，篡改了内蒙古历史的本来面目，颠倒了敌我关系，分裂了革命队伍，破坏了民族团结。在十一届三中全会后的党中央拨乱反正的方针指导下，恢复了历史的本来面目，砸碎了束缚内蒙古各族干部群众的精神枷锁，人心大快。林彪、“四人帮”和康生们已成了千古罪人，制造三大冤案的帮派骨干必将受到党纪国法的严肃制裁。

同月，中共广东省委常委扩大会议作出决定，对“文革”中制造的“南方叛徒网”案、“审理广东地下党和广东的革命武装队伍”案，以及在《处理有港澳海外关系干部的六条意见》下祸及全省的冤假错案，全部平反昭雪。

同月，中共上海市委发出文件，为林彪、“四人帮”制造的上海地下党大冤案彻底平反昭雪。

抗日战争和解放战争中，党中央派遣刘晓、刘长胜主持上海地下党工作，领导上海工人运动和学生运动，团结各方面的爱国民主人士，向解放区输送了大批优秀党员和青年——其中很多人成了新四军的骨干人才。

抗战胜利后，针对蒋介石的假和平真内战，上海地下党组织领导了震动全国的上海十万工人、店员、学生群众争取和平民主、反对内战独裁的示威游行。解放战争中，配合解放军正面粉碎国民党反动派的猖狂进攻，上海发生了声势浩大的反饥饿、反内战、反迫害的群众运动，打击和牵制了国民党反动派。解放军胜利渡江前夕，上海地下党又领导上海人民，广泛开展了反屠杀、反破坏、反搬迁的护厂护校斗争，粉碎了蒋介石集团妄图毁灭大上海的恶毒阴谋。

在这长期的艰苦紧张斗争中，上海地下党不少党员献出了生命。到上海解放前夕，上海已建立起五百多个地下党支部，拥有八千多名党员，其中许多人后来成为上海各级党组织的领导干部，不少人担负了中央和军队的领导职务。

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