刚刚自动恢复活动的北大学生会，立即率领北大同学响应天津学生的爱国运动。北大当局仍拒不备案。学生会在三院大礼堂召开全校同学大会，又被突然赶来的警察、宪兵所制止。学生们遂转移到三院大操场继续开会，决定将北大学生会改名为“学生救国委员会”。经正式投票选举，葛佩琦被选为二十一名委员之一。

6月13日，葛佩琦与救国委员会的委员们，率领北大同学参加了全北平市学生的示威游行。各路游行大军运用了“头调尾、尾调头”的穿插迂回游击战术，经过七散七聚，避开了沿途军警的拦截，会师于鼓楼广场，召开了市民大会，通过了如下的决议：停止内战，一致对外；武装保卫华北，收复东北失地。

1936年11月，在傅作义的指挥下，绥远抗战爆发。北平市学联发起募捐活动，支援和激励绥远前线将士。葛佩琦也率领北京大学的一支募捐队，到东四至朝阳门一带募捐。他们将募捐所得全部送交北平市学联，市学联购买了钢盔、皮衣、药品等物，送往绥远前线，当月25日，绥远前线将士收复了百灵庙，取得了绥远抗战振奋人心的胜利。

北大学生救国委员会的抗日救亡活动卓有成效，也未能得到学校当局的承认。而当时没有一个合法的学生会，要顺顺当当地开展抗日救亡活动是相当困难的。经过多次力争，学校当局才同意按照当时官方的“高等院校学生自治会组织大纲”重新组织学生会。经过全校各班代表大会的正式选举，陈忠经被选为学生会主席，葛佩琦为副主席，刘玉柱、袁宝华、陆平、胡昭衡、顾大椿等十七人为执行委员。其中除葛佩琦为民先队员外，绝大多数都是中共地下党员。

12月9日，“一二·九”运动一周年。中共北平地下市委决定这一天举行全市学生大游行。市委负责人黄敬、学联负责人高承志和民先队负责人李昌等人组成了游行指挥部。但到了这一天，正碰上段祺瑞的大出殡。为避免与全城戒严的军警发生冲突，李昌建议把“一二·九”一周年的大游行，改在12月12日进行。

12月11日夜晚选出的北大学生自治会，立即对全校进步同学作了总动员。第二天天不亮，葛佩琦等人就率领全校同学参加了全市学生的大规模示威游行：庆祝绥远抗战胜利，支持青岛工人抗日大罢工，要求释放全国救国会领导人沈钧儒等七君子。

几路游行大军在东皇城根会师不久，在东华门大街碰到了“冀察政务委员会”委员长、二十九军军长宋哲元的小汽车。学生们早先接到了中共中央北方局书记刘少奇的指示——对宋哲元只能团结和统战，围着小汽车齐声高呼：“拥护宋哲元将军抗日”，“拥护二十九军保卫冀察”，要求宋哲元下车讲话。宋哲元坐在车里答应：现在兄弟公务在身，下午在景山公园相会。

下午，葛佩琦率领的北大学生队伍首先进入景山公园，然后各学校的队伍五千余人陆续到达。宋哲元虽然失约，仍派北平市长秦德纯代表他和大家见面。他表示愿意抗日，接受了大会主席团的几项抗日救亡的要求。对要求释放被捕学生，他说“今天就办”。当学生队伍气势雄壮地走出公园大门时，全副武装站岗的士兵向学生队伍规规正正地敬礼。

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