1943年初夏，第一战区司令长官蒋鼎文把葛佩琦电召到洛阳述职，并交给他一个紧急使命：把刚刚从重庆来到洛阳的杜月笙的夫人送回上海。葛佩琦觉得这又是深入敌伪统治中心搜集情报的大好时机，就欣然从命。他们先坐了几天的汽车，后又改坐架子车通过日伪占领区到达商丘，住进了那位在伪军中当营长的地下党员开办的旅馆，然后乘火车顺利到达上海。

在上海，他婉言谢绝杜夫人留住杜公馆的邀请，住到了“一位朋友”家。这位朋友，就是他派驻上海的地下联络员。这位联络员陪同他走了很多地方，又介绍他与不少朋友谈了话，使他耳闻目睹了上海伪币狂贬、物价疯涨、日寇大刮民脂民膏的“以战养战”、残酷坑害剥削其铁蹄下的中国人民。他回到豫东后，立即将这些“敌囊之密”分别报送给党的西安情报站和国民党第一战区司令长官部。

接着，他在商丘火车站建立了监视日寇军运中心，逐日登记陇海线上日寇来往军车的车次、去向、所载部队番号、人数、武器装备、军用物资种类及数量，等等。情报联络员及时将这些情报送给葛佩琦，葛佩琦再通过电台和密函，分别转报给战区司令长官部及党的西安地下情报网。

1944年1月，从徐州到开封，日寇军运频繁，所运物资中含有大量橡皮船等渡河器材，葛佩琦分析敌人的“打通大东亚交通线”——进攻郑州、打通平汉线的战事在即，急报党的西安地下情报网和第一战区司令长官部。长官部参谋长要葛佩琦本人速去天津、济南等地，侦察日寇调动等军情。

葛佩琦即刻动身，于2月底到达天津，了解到大批日寇已由平汉线北段南下。他由天津回到济南，又获悉每天都有日寇军车，从青岛到济南转津浦路南下。他回到商丘，又看到每天都有日寇军车从徐州来到商丘，再向西开去。他急速将这些情报分别报给战区参谋长和我党西安情报组织，为预防日寇这一箭在弦上的大举进犯，提供了十分有力的情报。

时隔不久，日寇就发起了以打通平汉铁路为重心的“中原战役”。没想到国民党部队稍加抗击即节节败退，郑州、洛阳相继落入敌手。第一战区司令长官部由洛阳撤至陕<a href=https:///Tags_Nan/ target=_blank>西汉</a>中。由于撤退慌乱，长官部的电台竟与“长官部战地联络组组长”葛佩琦的电台失掉了联系。葛佩琦立即向我党西安情报组织报告了这一特殊情况，并遵从情报组织的指示，于1944年秋天回到了西安。

情报组织的负责人赵耀斌、李年等同志立即去看他。谈到日后的工作任务，赵耀斌让他尽快赶到汉中去，看看撤退到那边去的第一战区司令长官部的新动向。葛佩琦二话没说，即刻前往汉中。

到了那儿，他才知道不但司令长官蒋鼎文已离职，由国民党军委会参谋部长陈诚代理司令长官，参谋长、参谋处长、情报科长全都换了新人；而且在撤退转换中，慌乱得连许多重要的工作关系都没有一一交接，他去参谋处报到，人们都不知道长官部还有个“葛佩琦少将”。连忙翻档案，才查出他的确是这个长官部的少将参议，派往豫东的战地联络组组长。

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