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姚棻扑了个空，令官兵官差将方济各修道院翻了个底朝天，带领澳门同知、绿营守备上澳门总督府交涉。总督法利亚对蔡伯多禄躲藏澳门毫不知情，他声明澳门总督管不了教堂，教堂及神职人员隶属罗马教廷。

姚棻在澳门同知衙门住下，指挥官差在澳门挨家逐户搜捕。孙士毅赶到澳门，得知姚棻已经打草惊蛇，气得没话说。因为姚棻是按孙士毅的指令联系澳门驻军联手拿人。

事已至此，孙士毅只有强逼了，向澳葡当局施加压力。孙士毅写了一道抚令，叫通事译成葡文，然后坐同知衙门召见葡人总督法利亚。

法利亚开始还算恭顺，当他接到葡文抚令，火冒三丈。抚令指责澳门葡人区是邪教黑窝，澳葡当局藏垢庇凶。法利亚指着葡文抚令驳斥孙士毅，通事刘南生吓得不敢传译。孙士毅和姚棻从法利亚的表情，知道他说话的大致内容，小小葡夷吏胥在对抗天朝官员令。孙士毅和姚棻轮番拍打惊堂木，厉声斥责葡夷总督。军人出身的法利亚用葡语大声说道：“现在我郑重宣布，葡萄牙驻澳总督正式向受到支那迫害的天主教徒蔡伯多禄提供政治避难！”

法利亚扬长而去。孙士毅和姚棻气炸了肺，小小葡夷吏胥竟如此猖狂？孙士毅逼通事译出葡吏说过的话，刘南生结结巴巴译出，孙士毅即下抚令：封锁澳门，断绝向葡人区供应米油蔬菜。

澳门的葡人、华人以及大清驻澳的官员官兵的供给向来依赖内地。封锁引起葡人的极大恐慌，他们铤而走险采取激烈的方式打破封锁。葡萄牙水手截留了一艘给大清驻军运送大米的船，并向其他可能载有大米的船只开火警告，命令他们靠岸检查。姚棻急忙赶回广州，向孙士毅禀报危情。

孙士毅宣布解除封锁，希望澳葡当局感我天朝仁德，交出钦犯蔡伯多禄。孙士毅派藩司陈用敷向澳葡当局交涉，陈用敷的方式与姚棻如出一辙，自恃天朝官员，饬令澳葡小夷交出钦犯蔡伯多禄，“以示臣服天朝，为我天朝良夷”。澳葡当局不吃这一套，拒不交出蔡伯多禄。

从八月案发到十月底，各省督抚纷纷上折子向乾隆帝禀报清查邪教的赫赫战果，唯独广东连教案主谋蔡伯多禄都没锁拿归案。乾隆把孙士毅等骂个狗血淋头，孙士毅既惊恐，又惶惑，湖广督抚审讯意大利教士及接引教民，在奏折中特别提到意籍教士持澳门海关的路引进广州，离开十三行持有粤海关监督穆腾额亲自签发的路引。然而，皇上对此事视而不见、一声不吭，死死揪住广东督抚不放。

躲在桂越边境清剿安南流寇的两广总督舒常，也受到皇上斥责。

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