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至此，三大贝勒惟余代善一人。皇太极见时机成熟，以莽古尔泰悖逆治罪为理由，试图废去“凡国人朝见，上与三大贝勒俱南面坐受“的旧制，但诸贝勒会议时，“执（莽古尔泰）不可并坐者半“，就是说，仍有一半人坚持旧制。最后，还是代善委屈求全，以图自保，出面支持了皇太极的建议，使皇太极“南面独坐“成为制度。[18]
坐次的变化，表明汗权在与旗主并立局面的斗争中渐居上风，这一转折，与皇太极加强对八旗控制的努力是分不开的。皇太极继位时，自将正白旗（寻改正黄旗）。天聪元年（1627）五月攻大凌河之役，皇太极率两黄旗两白旗兵，代善、阿敏、硕讬率两红旗和镶蓝旗兵，莽古尔泰率正蓝旗兵。[19]说明皇太极首先将三幼弟领有旗分置于自己的控制和影响下。天聪二年，他借故革除阿济格镶白旗（原镶黄旗）和硕贝勒职，改任多尔衮，[20]进而掌握了两黄旗。以后阿敏、莽古尔泰先后得罪。天聪九年（1635），皇太极借口莽古尔泰、德格类“生前不轨“，再兴大狱，顺势将“正蓝旗附入皇上旗分，编为两旗“。[21]皇太极独掌三旗（两黄一蓝），形成强大的实力，没有人足以和他抗衡，八王共治国政制度趋于瓦解。
天聪九年（1635）追究莽古尔泰兄弟“生前不轨“大狱，是天聪五年“御前露刃“一案的余波。这年十一月，莽古尔泰妹莽古济属人冷僧机，告讦莽古尔泰生前与莽古济、弟德格类（已于一个月前“以暴疾卒“）等对佛焚烧誓词，图谋不轨。据说，在籍没其家时，又搜出木牌印16枚，印文为“金国皇帝之印“。诸贝勒等会议，元凶莽古尔泰“阴蓄异谋，大逆无道“，本应寸磔，但莽古尔泰与弟德格类已死，于是请于太祖两宫后妃，将莽古济处死，莽古尔泰子额必伦亦处死。莽古济长女为贝勒岳讬妻，次女为贝勒豪格妻。豪格说：“吾乃皇上所生子，妻之母，既欲害吾父，吾岂可与谋害我父之女同处乎？“说罢杀死己妻。岳讬欲效其做法，为皇太极谕阻。昂阿喇（莽古尔泰同母异父兄）以知情处死。莽古尔泰、德格类诸子并黜宗籍，俱降为庶人。参与其事的屯布禄、爱巴礼，并亲支兄弟子侄，俱磔于市。[22]
皇太极严厉镇压莽古尔泰同党，株连无辜，遭到正蓝旗人的激烈反抗。明朝方面得到消息说：“两家相争厮杀，四王子（指皇太极）将大王子蟒五儿代（莽古尔泰）儿子三个俱都杀死，还杀了当紧夷人一千有余。“[23]这是金国内部因争夺汗位遗怨酿成的一场大规模自相残杀，也是爱新觉罗皇室骨肉相残悲剧的又一波澜。
经过不懈努力，到改元称帝前，皇太极已经牢牢控制了国家的最高权力。惟一幸存下来的大贝勒代善对他俯首称臣，不敢有一点僭越之举。天聪九年十二月，皇太极责令诸贝勒大臣各立誓言，凡有议政之事，不可谋于微贱之人，以杜私弊。大贝勒代善表示：“傥皇上不令臣预议事之列，臣亦何敢违背上命，即不盟誓可也。若皇上怜臣而仍令居议事之列，臣性顽钝善忘，必出誓词。“[24]原先位居四大贝勒之首的代善对皇太极满口称“臣“，连能否议政也要乞怜于皇太极，这表明议政会议的确成为皇帝（汗）得心应手的政治工具，他的意旨无人敢于反驳。
随着三大贝勒势力的消除，皇太极的汗位得到了空前巩固。皇太极同三大贝勒的斗争，不仅是个人的权力之争，同时反映了中央集权同部落旧制度残余的斗争。斗争的结局，客观上适应了满洲社会发展的需要。
从国家或从家族内消除三大贝勒的势力，并不是皇太极努力的全部，为了确立汗权的至高无上，不能不触动“共治国政“制度赖以存在的经济基础即“八家均分“。“八家均分“的基本原则：“有人必八家分养之，地土必八家分据之“，即便“一人尺土“，汗不能多占一分，贝勒也不能少受丝毫。在金国内部，率先指斥“八家均分“为“陋习“的是镶红旗汉人胡贡明。天聪六年，他在《陈言图报奏》中大胆进言：“这个陋习，必当改之为贵。“又说：“厚薄予夺之权得以自操，而人之心志，亦必归结于一处矣。“[25]这就点明了集中财产人口分配权与实现政治上“自专“的因果关系。
天聪八年，在商订分配新俘获的瓦尔喀壮丁时，皇太极正式提出：这次俘获人口，不必像以前那样八家均分，应当补充给壮丁不足的旗。同时规定，每旗一律定为30个牛录，有溢额者即行裁撤，缺额者增补。[26]通过调整，皇太极领有的两黄旗共增设8个牛录，德格类的正蓝旗增5个牛录，代善父子的两红旗共增4个牛录。此外，正白旗增1个牛录，镶白旗和镶蓝旗分别减去2个和1个牛录。[27]天聪年间，八旗牛录总额并不稳定，据上引资料，调整前的牛录数当为225个。其中，两黄旗各26个，两红旗各28个，正蓝旗25个，正白旗29个，镶白旗32个，镶蓝旗31个。由此可知，调整前的两黄旗牛录额数在各旗中是比较少的。但变动的结果，始作俑的皇太极却占了明显的便宜。
为了给新编牛录输送壮丁，皇太极在调整牛录同时第一次改变了“八家均分“壮丁的惯例。新编557名瓦尔喀壮丁中，分拨镶黄旗的有200丁，正白旗177丁，正蓝旗180丁。[28]皇太极旗所得最多。翌年，将察哈尔壮丁分拨入旗时，再次违反均分原则：拨入两黄旗1256丁，两红旗758丁，两白旗575丁，两蓝旗612丁。[29]破坏“八家均分“的结果，不仅使人口的分配权由诸贝勒手中逐渐收揽到汗手中，皇太极还通过一次又一次有利于自己的分配，使两黄旗的丁额很快超过其他诸旗，形成强大实力。
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