抗战胜利后，北大复校。傅斯年代理校长之职，负责北大接收、复员和北迁事宜。但钱穆却没有得到返回北平的邀请。30年代，钱穆任教北大时，即与傅斯年相识。钱穆早年作为考据名家，被傅斯年视为史料考证派的同志，二人彼此往来问学，保持着不错的关系。但是钱穆与他在学术观点上又是同不胜异的。在钱穆看来，考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。在西南联大时期，随着钱穆自己史学理论体系的日渐成熟，对史料考据派进行了全面批判。为此，作为学派领袖的傅斯年对钱穆的攻击自然不会高兴。北大复校，钱穆不在被邀之列，这恐怕是重要原因之一。至此，钱穆告别了北大。

钱穆到达香港后，即创办新亚书院（今并于香港中文大学），收留战乱流离的学生。钱穆秉承了中国传统知识份子经世救国的抱负，他坦言：“我创办新亚的动机，是因为当初从大陆出来，见到许多流亡青年，到处彷徨，走投无路，又不是人人都有机会到台湾来；而我觉得自己是从事教育工作的人，怎忍眼看他们失学。同时，也觉得自己只有这一条适当的路可以走。虽然没有一点把握，但始终认定这是一件应当做的事。”

1952年，18岁的李敖初次拜访钱穆。钱穆对李敖态度诚恳，循循善诱，慰勉有加；对于自己不知道的东西，钱穆还虚心向李敖求教。日后，钱穆和李敖书信来往多年，钱穆曾在信中殷殷规劝：“昨奉来书，知君努力学问，与日俱进，著能持之以恒，继续不懈，将来必有成就，可喜可贺。”“学问之事，首贵有恒心，其次则防骄气，小有所成，志得意满，中道而止，虽有脱秀之质，犯此二病，终不能有远到之望，唯立志高远，始克免此。君尚在青年，向学伊始，故特以此相勉。”又说：“当知学问与德性实为一事，学问之造诣，必以德性之修养为根基，亦以德性之修养为限度，苟忽于德性，则学问终难深入，此层务盼注意。”钱穆去世后，李敖回忆说：“信中对一个18岁的青年如此鼓励，固因我的好学引起他的注意，也实可看出他具有教育家的风度。”

李敖初时对钱穆甚是佩服，但此后，因钱对蒋的态度，李敖对钱发起了猛烈攻击。但李敖却始终记得钱穆对他的殷殷教诲。钱穆去世后，他回忆说：“在钱穆死前不久，我去‘故宫博物院’，远远地望见了他，他已老态龙钟、步履维艰。我没有趋前问候，但心里一直感念他，毕竟在我少年时代，他曾经被我心仪，曾经热心指导过我、帮助过我，这种老辈风范的人物，对于‘现代史’的来说，真是‘上古史’了……”

钱穆曾先后在美国耶鲁大学、哈佛大学讲课和讲演。在耶鲁大学讲课结束时被授予该校名誉博士学位。后又去哥伦比亚大学为“丁龙讲座”作演讲。在美国停留七个月后，他应邀去英国访问，参观了牛津、剑桥大学。从英国到法国、意大利，最后回到香港。

钱穆完成《朱子新学案》以后，应张其昀之约，任中国文化学院（现中国文学大学）历史系教授，每周两小时，学生到他家听课。又应蒋复璁之约，任国立故宫博物院特聘研究员。院在素书楼对面。院为钱辟一研究室，钱在此读《四库全书》中宋、元、明理学诸集，并撰写专论。钱穆居双溪时，曾先后两次去日本、韩国访问，又数度去香港作讲演。

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