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1885年《马关条约》签订后，章太炎异常气愤，从杭州寄给康有为设立的上海强学会16元会费，加入该会。次年年底，章应梁启超之邀，担任《时务报》撰述，结识谭嗣同等人。在梁、谭等人影响下，章的思想渐趋革命。1987年6月，章太炎在杭州发起成立兴浙会。

1988年12月，章太炎因支持维新变法，遭到清廷通缉，逃往日本占领下的台湾，次年因发表言论，触怒台湾当局，随后赴日本，八月回国。在日本期间，章太炎认识了孙中山。

1900年，章太炎的《訄书》出版。章在书中提倡复兴诸子之学，排满，反对列强，并首倡光复之说，在当时产生了深远的社会影响。清廷后来因“苏报案”诉章太炎时，此书也是清廷指控章的罪状之一。不久，章又发表《正仇满论》，章在书中首次对清廷及保皇主义进行公开批判。这一年，章太炎剪辫发，立志革命。

1901年，由吴君遂介绍，章太炎到东吴大学任中文教员。当时章教授中文课程，但他在课堂上不谈经史，却大谈民族大义，倡导学生走光复道路，一时哗然。保皇派十分震惊，视章为“乱党”。次年元月，江苏巡抚恩寿到学校通知该校美籍校长，要缉拿章太炎，是章太炎回家过年，得到吴君遂的通报后，匆忙逃往日本。

在日本，章太炎于明崇祯皇帝的忌日，发起支那亡国二百四十二年纪念会。因清室干预，日本警方驱散学生，孙中山及数百留学生未能与会，后在横滨补办仪式。席间，孙中山提议与会者各敬章太炎一杯酒，共计七十余杯，章太炎亦未醉。

1903年，章太炎为邹容《革命军》一书作序，称该书为“义师先声”，因文中有“载湉（光绪）小丑，不辨菽麦”之语，引起清廷震怒；同年6月，康有为的《驳康有为论革命书》与《革命军》同时付梓刊行，不足一月，便抢购一空。此时，《苏报》又以《康有为与觉罗君之关系》为题，摘录发表了章的《驳康有为论革命书》一文，在全国引起了极大的反响。清廷下令查封《苏报》，逮捕章太炎与邹容。后经外国法庭审判，章太炎被判刑三年。

1906年6月，章太炎出狱，孙中山派人将其接到日本。在东京留学生欢迎会上，章太炎发表演说，认为当前最紧要的，“第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种姓，增进爱国的热肠”。到日本后，章太炎加入同盟会，主办《民报》，与梁启超主持的《新民丛报》论战。章太炎的加入论战，使得“向之与《新民丛报》有关系者，莫不倒戈相向”。一时，《民报》的销售数量激增，而《新民丛报》则大规模减少，最后《新民丛报》不得不停战，关门了事。

1912年1月3日，中华民国联合会在上海宣告成立。章太炎、程德全被选为正、副会长。章太炎发表演说称：“本会性质，对于政府立于监督补助地位。”章还说：“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者存留之，不能事事更张也。”

民国成立后，章太炎为实现政治抱负，曾拥护袁世凯。后他发现袁的称帝野心，大闹总统府，被袁世凯软禁至袁去世。

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