周作人说刺客是日本人，有人说是“抗日锄奸团”，也有人说是爱国青年学生，又有人说是周作人的侄儿周丰三因无法阻止伯父当汉奸而决定干脆杀了他，与几个志同道合的同学所为。但无论哪种说法，都没有得到证实，至今是个疑案。

鲍文蔚曾问周作人为何有人要加害于他时，周轻描淡写地说：“可能有人觉得我可恶吧。”

周作人任伪职后，文化界倾力劝周作人南下，茅盾、郁达夫、老舍、冯乃超、王平陵、胡风、胡秋原、张天翼、丁玲等18人发表公开信，希望周做“文坛苏武”，“幡然悔悟，急速离平，间道南来”。当时甚至有“城可失，池可破，周作人不能投降”的口号。

周海婴记载，周作人对日本的态度越来越暧昧时，正上中学的周建人与羽太芳子的次子周丰三多次劝说二伯父悬崖勒马，周作人并不理会。周丰三郁郁寡欢，最后竟以死相谏，但周作人仍不为所动。

1941年，周作人出任伪国民政府委员、为华北政务委员会常务委员兼教育总署督办等职务，文化界一片哗然。艾青说：“周作人，在我们最需要他的时候，背叛了我们！”

依附日本人后，周作人大兴土木，翻盖了八道湾的住宅，卧室也完全改建成日式的榻榻米，家中家具、物品都从日本商店购买，家人生病也请日本医生诊治。家人过生日、过满月都要庆贺，中日车水马龙，宴席不断。张琦翔说，八道湾苦雨斋原本是学子、教授愿意来的，推门即入，不拘形迹。当周成了伪督办，翻盖房子后，给朋友们发通知说，每周一、三、五下午四至六时会客。而逢着会客日，周家有好多官僚，于是朋友们便不大到苦雨斋了。

周作人刚开始大概还抱有“学校可伪，学生不伪，政府虽伪，教育不可使伪”的想法，于浩成在《关于周作人的二三事》中说：“1941年12月8日太平洋战争爆发后，日本当局于上午七八时即按原定计划派军队进驻燕京大学，将代校长陆志韦、张东荪、赵紫宸、邓之诚等教授聚在一起，准备解去关押……听我父亲说（董鲁安，原燕京大学教授，后为晋察冀边区参议会副议长），陆志韦先生在匆忙中低声告一位懂日语、以前经常代表燕大校方与日本当局联系、办理交涉的萧先生说：‘找周岂明！’可见周作人还是起到某种缓冲甚至‘保护’作用的。”

某日，伪新民会通知北平各校学生到天安门参加庆贺皇军占领宜昌大会，教育总署请示督办周作人，周认为学生应远离政治，参加与否，无关宏旨，教育总署便按其意思通知各校。次日，各校照例放假，无一学生到会。伪新民会顾问安腾大怒，要亲自去逮捕周作人，经人力劝才作罢。自此，各校有会必到，到必抢先，而周作人则再不敢管此类事情了。

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