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因赤眉军暴掠无道，三辅地区居民反而开始思念刘玄，想把刘玄营救出来。赤眉军感到事情不妙，让谢禄勒死了刘玄，刘恭乘夜间去收藏了刘玄的尸体。邓禹遵光武帝诏命将刘玄葬于霸陵。
光武帝因关中没有平定，邓禹又长时间没有动静，写信责备说：“司徒你如同尧，赤眉贼如桀，应乘长安吏民人心涣散之机进军讨伐，镇抚西京。”邓禹仍坚持自己的想法，转而进攻上郡诸县，扩充军队，积蓄粮草。冯身为积努将军，与身为车骑将军的宗歆守卫邑，因争权而自相残杀。最后冯杀死了宗歆，又回头进攻邓禹。邓禹派使者将这一情况报告光武帝，光武帝问使者：“冯所亲近的人是谁？”使者回答说：“是护军黄防。”光武帝深知冯、黄防二人势必发生矛盾，告诉邓禹说：“黄防一定会收降冯的。”于是派尚书宗广持节前往收降。过了一个多月，冯果然被黄防逮捕，其军队亦被收服。更始政权旧将王匡、胡殷、成丹等人也都到宗广处投降。
腊月，赤眉军设酒会欢庆。群臣在酒会还未开始时便已相互争吵打斗，而有的士兵则跳越宫墙闯入，抢掠会上的酒肉，互相斗殴。卫尉诸葛听说后，带兵进入，杀了一百多人，才稳定了局势。刘盆子惶恐，天天啼哭，使得随从属官都很可怜他。建武二年（公元26年）正月，刘恭看出赤眉军失败已成定局，暗地里教弟弟刘盆子归还印绶，练习辞让的语言。刘恭在正旦大会上说道：“诸位共立我弟为帝，仁德深厚，可是一年以来，天下越来越混乱，实在不能有所成就，恐怕死也没有益处，甘愿贬为庶民，请另选其他贤达人士。”樊崇等人谢罪说：“这都是我们的过失。”刘恭再次请求，有人说：“这难道是你式侯的事吗？”刘恭慌恐，只得悻悻地离开。刘盆子边解印绶边走下御座，叩头说道：“现在官僚制度仍和以前一样，但四方怨恨，不再信从归向，主要原因是没有选择合适的皇帝，我愿让位于贤圣。如果要以杀死我的方式来对其过失进行弥补的话，我也难以逃脱。”说着痛哭流涕。樊崇以及参加大会的数百人都很同情刘盆子，大家都离开了座位顿首说：“我们做得不对，今后不再放纵自己而辜负陛下了。”于是抱起刘盆子，戴上印绶。大会结束，诸臣各自回到自己营地闭门自守。三辅议论纷纷，称颂天子聪明，百姓争着回归长安。然而不过二十几天，赤眉军便又和原来一样，出来抢掠了。
（2） 刘盆子降汉
长安城中弹尽粮绝，赤眉军掠夺黄金珠宝然后纵火烧了宫室，在市里大开杀戒，无人敢在长安城中行走。号称百万的赤眉军退出长安西去，一路摧城拔寨，自南山进入安定、北地。邓禹率军队南下到了长安，驻军昆明池，参拜了高庙，将西汉十一位皇帝的神主牌位送到洛阳，又置派吏士进行守护。
九月，赤眉军想攻击上陇，隗嚣派将军杨广迎战，打败了赤眉军，又追到乌氏、泾阳，再次打败赤眉军。赤眉军败走阳城，突然遇上大雪，兵士很多被冻死，又回到长安，盗取了西汉诸帝陵墓埋葬的宝物。邓禹派遣军队在郁麦和赤眉军激战，结果被赤眉军打败，邓禹只得退守云阳。赤眉军再次进入长安。邓禹率军队袭击长安，与谢禄援军激战，邓禹战败退走。当时延岑屯兵杜陵，赤眉军将领逄安进攻延岑，赤眉军死伤十多万人后不得不撤退。
赤眉军将领廖湛率军队十八万人进攻汉中王刘嘉，在谷口一战中赤眉军失败。刘嘉亲手杀死了廖湛，随即到云阳驻扎储备粮草。刘嘉妻兄新野人来歙，是光武帝姑姑的儿子，光武帝命邓禹招抚刘嘉，刘嘉在来歙的劝说下投降了邓禹。自从冯叛乱，邓禹威名有所损降，军队补给又不足，与赤眉军几次作战都没有取胜，叛离事件不断发生。赤眉军和延岑在三辅地区很猖獗，当地郡县豪强大族拥兵割据，邓禹无能为力。光武帝派遣偏将军冯异取代邓禹。光武帝亲送冯异到河南，对冯异说：“三辅地区先后遭受王莽、更始之乱，再加上赤眉军和延岑的骚扰，百姓已不堪忍受。你现在奉命讨伐乱臣贼子，凡投降者，让其将帅来京师。遣散部众，让他们归就农桑；拆毁营壁堡垒，使他们无法聚众滋事。征伐的目的并不是略地屠城，主要是安抚百姓。其他将领并不是不善于作战，而是好掳掠而不得民心。你最能驾驭将士，一定严明军纪，不要再让百姓受苦。”冯异接受教谕，率人西去，所到之处，布德施信，各地盗贼纷纷归降。司马光就此事评议光武帝说：“对周武王的德政，过去周人颂扬时说：‘铺时绎思，徂惟求定。’是说王者之兵，志向只是布陈威德以安抚百姓。光武帝之所以夺取关中，就是用这个上策啊！”
光武帝又下诏书征还邓禹说：“不要与穷寇争锋，赤眉军已无粮草，必定东来，我们以逸待劳，以饱待饥，定能取胜，不要再轻易进兵。”
这时大饥荒，在三辅出现人吃人的惨剧，城郭皆空，白骨遍野，剩下的人常聚为营堡，实行坚壁清野。赤眉军用尽各种方法也得不到粮食，只好返回。此时军队还有二十多万，东归时溃不成军。光武帝又派遣破奸将军侯进等驻守新安，建威大将军耿等驻守宜阳，占据赤眉军东还必经的险要之地，吩咐说：“贼军如果向东逃窜，宜阳之军到新安会师；敌军如果向南逃跑，新安之军到宜阳会师。”在华阴，冯异与赤眉军交战数十次，收降赤眉军五千余人。
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