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“文革”中，林彪、“四人帮”，更把中央统战部打成“修正主义司令部”，把各级统战、民族、宗教、侨务部门打成“牛鬼蛇神庇护所”、“资本主义复辟部”或“投降部”；把长期同共产党合作的民主人士，普遍当做“专政对象”；把广大知识分子，诬蔑为“臭老九”、“反动学术权威”；把民主党派诬蔑为“反动党团”，把归侨和侨眷的海外关系视为“敌特关系”。许多为民主革命、社会主义革命和建设作过贡献的知识分子和爱国人士，被打成“特务”、“间谍”、“反革命”，制造了大量骇人听闻的惨案。为发展我国革命统一战线，做了大量工作和奉献的党内老同志和爱国民主党派负责人徐冰、张经武、高崇民、吴晗、车向忱、阎宝航被迫害致死，给党的统战工作造成了空前大浩劫。

在中共中央批准召开的全国统战系统大会上，中央统战部长乌兰夫根据中央的决定宣布：对李维汉、徐冰等中央统战、民委系统一批领导干部所强加的“反革命修正主义分子”、“走资派”、“叛徒”、“特务”等各种诬蔑不实之词，一律推倒；对中央和各级统战、民委、宗教、侨务系统中被迫害的同志，都彻底平反，恢复名誉。

同样，经党中央批准，国家科委党组召开了大会，为1961年的《科研十四条》和1962年的“广州会议”等重大冤假错案彻底平反，为受到株连迫害的干部和科技人员平反昭雪。

1961年，经党中央批准试行的《关于自然科学研究机构当前工作的十四条意见(草案)》，是一个系统地总结了新中国成立后科技工作的经验教训、尽快发展国家科学技术的重要政策性文件。1962年，分管全国科研工作的国务院副总理聂荣臻在广州主持召开了全国科技工作会议，周恩来、陈毅都到会作了语重心长的讲话。“反右”后萧瑟秋风的全国科技战线，从此复又生机勃勃，涌现出了成功试验原子弹、人工合成牛胰岛素等一大批举世瞩目的科研成果。

可是“文革”中，林彪、“四人帮”全盘否定了建国十七年的科研成就，把《科研十四条》诬蔑为“复辟资本主义的黑纲领”；把“广州会议”打成“向党进攻的黑会”；把国家科委和中国科学院乃至全国科技战线上的大批领导干部，打成“反党集团”或“走资派”；把一大批一大批的科技人员，打成“修正主义基础”、“反动学术权威”——其中许多人被迫害致死，使全国科技工作更加落后于世界先进水平。

1979年春天，中共国家科委党组，在为《科研十四条》和“广州会议”平反的大会上，宣读了中共中央的有关批示。批示说，对强加于《科研十四条》、《广州会议》和全国科技战线的一切诬蔑之词全部推倒，对在这一系列冤案中受到打击迫害的干部和科技人员都一律恢复名誉，对被迫害致死的同志全部平反昭雪，档案中的有关材料全部销毁。

到1979年夏天，中国社会科学院经过一年多的努力，对各种冤假错案的历史遗留问题的清理也取得了重大成绩。全院八百多位科研人员和党政干部，丢掉了林彪、“四人帮”强加的政治包袱，出现了安定团结的大好局面。

中国社会科学院，过去是中国科学院哲学社会科学部，是中共中央和毛泽东、周恩来关怀下建立起来的思想理论工作阵地。“文化大革命”中，林彪、“四人帮”们，却说这是“资产阶级分子的一统天下”、“资产阶级专了无产阶级的政”。那个“理论权威”康生和陈伯达、姚文元以及王力、关锋、戚本禹、迟群等人，更肆意对广大哲学社会科学工作者和党政干部进行摧残和迫害。当时只有两千多人的哲学社会科学部，先后被立案审查的就有一千零四十二人，占全部人员的百分之五十，有的人被迫害致死。

1978年春天，中组部召开了“疑难案例座谈会”，同年夏天，由中组部牵头，在民族饭店召开了如何正确处理“右派”问题的五部会议后，中国社科院就加紧了冤假错案和历史遗留问题的清理工作，相继平反纠正了大批著名学者和领导干部的冤假错案和历史问题。这些冤假错案和问题是：

杨献珍、张友渔、邵荃麟、杨述等同志的所谓“叛徒”案；孙冶方、刘大年同志的“反革命修正主义分子”；俞平伯、罗尔纲同志的“反动学术权威”；吕叔湘、丁声树、翁独健、钱钟书等同志的“资产阶级世界观未得到改造的知识分子”；顾颉刚同志的“资产阶级史学家”；关山复、刘导生、姜君辰、何其芳、黎澍、尹达、夏鼐、冯至、张棣华、石明远、韩幽桐等同志的“执行修正主义路线错误”；徐懋庸、温济泽、林里夫、荣孟源、杨思仲、陈梦家、许良英、顾准、荒芜等同志的“右派分子”，等等。被逮捕审查的杜任之、赵洵、林利同志的错案，也都得到了纠正；被戴上多种帽子并在报纸上公开点名批判的杨献珍、杨述、孙冶方、侯外庐、邵荃麟、何其芳、黎澍、刘大年、陈冷、骆耕漠、罗尔纲、蔡美彪、林里夫、顾准等同志，所有被强加的荒谬不实之词，全部予以推倒。

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